Прочитайте внимательно раздел с настройкой JComments там есть нюанс с конфигурацией JComments
joomline.ru/docs/jlcomments/446-jlcomments-config.html
Для корректного вывода JComments была выбрана следующая схема.
Активируйте вкладку для вывода JCommnets.
Найдите плагин "Материалы - Комментарии"
В пункте настройки "тип события" выберите "onPrepareContent"