В данный момент проще удалить, так как мы ни когда не заявляли поддержку Virtual Domains. По принципу работы этого расширения, сайт является все тем же одним сайтом, он осуществляет процессинг через себя и регулируют какие страницы отдавать для какого домена.
Плагин борьбы с дублями ни как не может знать о такой ситуации, потому, что такую функцию в него не закладывали.