JL No Doubles и компонент Multicategories

Вероятней всего работать не будет. Так как даже из название могу сказать, что скорей всего, что-то реализовано противоречащее логике работы роутера Joomla, надо разбирать сам компонент, и писать правильные редиректы согласное его логике...
Если проблема только в категориях, то можете попробовать вот эту инструкцию по написанию исключений:

Самое простое это посмотреть как сделаны исключения для com_content но все же.
Попробую объяснить:
у нас есть магазин допкустим hikashop, нас не устраивает какая то переадресация, допустим паганация категории товара.
Отключаем SEF Joomla на время
В категории товара мы видим вот такую ссылку.
/index.php?option=com_hikashop&view=category&layout=listing&Itemid=494
Мы думаем что не хотеми фильтровать все категории.
то есть брем и пишем
Переменная:
view
значение:
category
То есть все вюисы категорий не будут обрабатываться редиректами.