JL Like PRO - это наша собственная библиотека + графика + CSS, все это мы развиваем и поддерживаем. В целом развитие JL Like PRO обходится дороже для нас.
В Яндекс кнопках мы используем существующий код Яндекса (внешний сервис), из-за этого нам фактически нужно обеспечить только вывод виджета, что значительно проще, но надо учитывать, что вы ни как не можете влиять на работу виджета, в отличии от JL Like PRO.
Из того, что мы имеем JL Like PRO гораздо точнее считает чем Яндекс.
JL Like PRO быстрее считает.
Есть несколько уникальных технологий типа запрета повторного голосования. Ну и как указано на странице JL Like PRO минимум кода и ни каких фреймов, что почти автоматически уменьшает и количество запросов и размер загружаемого кода на странице.