Сам спросил - сам отвечу

заходим в конфигурацию sh404SEF, выбираем "компоненты" находим "jlweather" и в первом меню выбора ставим "пропустить"
Заходим на сайт и смотрим какие ссылки получились, копируем полученную ссылку, например "index.php?option=com_jlweather&Itemid=51&lang=ru&view=jlweather"
заходим снова в sh404SEF "Управление URL" жмём "Создать" и в открывшемся окошке в поле "Старые Non-SEF ссылки " вставляем нашу кривую ссылку, в поле выше пишем нормальное sef, например "pogoda.html" далее прописываем ,всё. что нужно, Титлы , мета и тд.
теперь нужно запустить вновь обраьотку, для этого заходим снова в "конфигурацию" sh404SEF и в меню