Ну первое это то что все таки плагин есть плагин... не требует изменения шаблона, не требует заботится о том, что вывод пропадет и заново надо будет делать вставку в шаблоне.
Второе это правильно передается ID материала. То есть допустим вы взяли включили сеф или изменили его или вдруг пользователь случайно попал на дубль статьи. Ему все равно выведутся комментарии для этой статьи. В случае прямой же вставки вам грозит потеря коментариев при любом изменении сеф... А в нашем же случае хоть название материала меняй)